सुप्रीम कोर्ट ने इस पूरे मामले को गौर से सुना और आखिरकार बेंगलुरू के पक्ष में फैसला सुना दिया. कोर्ट ने कहा, "हरे कृष्ण हिल मंदिर इस्कॉन बेंगलुरू का है, और इस्कॉन मुंबई का इस पर कोई अधिकार नहीं." इतना ही नहीं, कोर्ट ने कर्नाटक हाई कोर्ट के पुराने फैसले को भी पलट दिया, जिसमें मुंबई को मंदिर का कंट्रोल दिया गया था.